MOM的科學目標是分析火星大氣與地質，其中一項是尋找火星大氣中的甲烷，氣體在地球上與生物活動密切相關，是證實火星是否可能存在生命。而據Seeker了解到的消息，MOM無法測出火星甲烷數據，因為該探測器的甲烷探測儀器存在設計缺陷。

美國宇航局戈達德太空飛行中心資深科學家邁克爾·穆馬（Michael Mumma）對Seeker表示：“他們沒有將探測火星甲烷的儀器設計正確。”

早在2003年，穆馬領導的團隊在夏威夷使用紅外望遠鏡對火星甲烷進行了首次確定性的測量。火星大氣中的甲烷，在某些區域常以羽流形式出現，在火星大氣中最大濃度約十億分之六十。

“MOM搭載的儀器很出色，但不適用于甲烷探測任務。”穆馬說到：“測量甲烷的儀器可以有其他用途，但不幸的是它無法測得火星大氣的甲烷譜線，甚至我們在地球上觀測到的那些甲烷羽流都無法探測到。”這與MOM搭載的負責收集與檢測甲烷的儀器有關，這其中使用到光譜分析技術。

“想象一下你伸出四個手指，假設每個手指代表一條光譜儀得到的甲烷譜線，指尖代表樣品峰值，指尖之間則代表樣品的中間區域。現在的麻煩是，它們實際上并沒有發回甲烷的光譜。它們發回的是兩個數值，一個是第一通道得到的“指尖”測量值的總和，而另一個則是“指尖區域”測量值的總和，然后它們取這兩個不同值，并認為它們是甲烷信號。”穆馬說到。

“問題是，這里有其他的光譜線，例如二氧化碳的譜線會隨著溫度的變化而在強度上呈現巨大差異，因此這兩個數值并不僅僅只代表甲烷，最終造成沒有辦法從這兩個數值中解析出甲烷信號。這是非常遺憾的，因為他們非常出色地將MOM送入了環火星軌道，而且發射第一顆火星探測器就成功了，但我們無法用MOM上的甲烷儀器探測甲烷。”