一方面，這樣的免稅政策表面減輕了國家因為科研經費撥款帶來的財政負擔。而在實際上，由于這種政策并不給予國產的科學儀器生產商，從而造成了進口儀器與國產儀器在市場上的不公平競爭，大大地損害了國產科學儀器的健康發展。

長期以來，人們觀念上總是有個誤區：即認為國產儀器制造成本上要比進口儀器來得低。這和實際情況嚴重不符。

另一方面，進口儀器起步早，經過多年的研制，技術，工藝上比較成熟，許多儀器已經沒有前期開發的費用。即便是新款儀器的迭代，也是從已有的儀器的基礎上改進，并不需要有許多的研發投入。

相反，國產儀器大多從零起步，一臺能滿足市場需求的儀器，往往需要有許多前期研發投入。無論是機械、電子，國內供應商的制造能力和先進國家還存在在差距，許多部件的成品率還是比較低，造成了生產成本的上升。

毋庸諱言，目前國產儀器的一些關鍵部件，如質譜儀中需要的分子泵、檢測器等，需從國外采購。而國外的供應商一方面把這些賣給中國客戶的部件的價格訂得比給本國的客戶要高，另一方面獲取這些部件還要通過他們在中國代理商的渠道，代理商再從中加價。

這也是國產儀器成本高的另一個重要原因。進口儀器的一些勞動密集型的制造，實際上許多也是在勞動力比較低廉的國家完成的。

所以，相比進口儀器，國產的儀器亦沒有勞動成本的優勢。綜合而言，國內目前科學儀器制造的成本，接近或高于進口儀器。

為了發展我國的科學儀器事業，政府采取的優惠政策本應向國內生產廠商傾斜。但遺憾的是，目前國內進口儀器的這些免稅政策只給外國公司帶來利益。

考慮到免進口關稅，增值稅等，進口儀器的優惠達到儀器價格的17%以上。外國公司為了打壓國產儀器，通常視情況已對國內買家采取一些價格上的靈活策略。海關的免稅政策，等于在這價格上再打上個八折。而國產儀器卻要付清全部的稅收，國內儀器公司可能的盈利空間大大地被擠壓。

以電感耦合等離子質譜(ICP-MS)為例。目前國外三大生產商的的每臺價格在12萬美元左右，折合人民幣80多萬元。在免稅政策的優惠下，這80多萬就是進口儀器供應商的實際收入。