報告發現，1995~2016年，中國基礎研究經費占全社會研發經費比例基本上維持在5％，應用研究經費從26％下降到了10％，試驗發展經費支出從69％增長到了85％。

基礎研究加應用研究，合起來可以被稱為“科學研究”。報告指出，中國研發經費中科學研究經費比例僅占15％。

報道指出，中國科學研究的主要問題不僅是基礎研究投入不足，更重要的是應用研究差距比較大，不到美國和日本的一半，與英國和法國的差距更大。2015年，英國的應用研究經費投入占比已經達到了43％，法國為38％。

從經費的執行部門看，1995~2016年，無論是企業、研發機構還是大學，研發經費中應用研究的投入比例都在下降。企業應用研究投入比例由14.51％下降到3.04％；研發機構從31.08％下降到了28.41％；大學從55.08％下降到 49.28％。與之相對，研發機構和大學的基礎研究投入比例都有很大的增長。

報告認為，中國科學研究經費占研發經費比例偏低已經成為一個重要挑戰，特別是應用研究比例偏低沒有引起應有的關注。

孫玉濤告訴《中國新聞周刊》，應用研究占投入比偏低，和中國整體的創新體系結構有關。在美國，大部分應用研究，由企業和研發機構進行，高等院校主要從事基礎研究。而在中國，研發機構也開始從事試驗發展，與市場接軌，不再主攻應用。

轉變從科研院所的企業化改制開始。1987年，國務院頒布《關于進一步推進科技體制改革的若干規定》和《關于推進科研設計單位進入大中型工業企業的規定》，推動技術開發型科研機構企業化轉制。1998年，原隸屬于中央政府機構的242個科研院所，以及所有隸屬地方政府的科研院所全部轉制，直至2001年全面完成。

孫玉濤表示，改制之后，由于面向市場，且無法獲得財政撥款，很多科研院所出于自負盈虧的考慮，轉做試驗發展，應用研究的項目大幅減少。

報告指出，1995年研發經費中應用研究的經費占比還有26％，到了2006年，這個數字迅速下降到17％，2016年降至10％。

他認為，改制以后，雖然科研院所更加市場化，但目前的主要問題是，大學和科研院所的定位存在重疊，二者都既做基礎，又做應用。尤其是科研院所，其功能定位需要重新思考。

孫玉濤建議，大學還要回歸到基礎研究，以中科院為核心的科研院所可以加大對應用研究的投入。未來，可能會有一部分企業嘗試進行應用研究。在美國，應用研究經費中的1/3~1/2來自企業的貢獻。

如此一來，將來基礎研究和應用研究加起來，經費投入占比應該從現在的15％增加到30％。

“這不是一個短期的過程，具體達成的時間很難預測，但從中國目前產業發展的需求來看，應該會在近幾年出現轉變的苗頭。”孫玉濤說。