(三)具有良好實驗條件和充足的研究場所、經費保障。人員與用房相對集中，原則上實驗室面積不低于3000平方米，儀器設備總價值不低于2000萬元。
(四)依托學科應為高等學校的優勢和特色學科，或是新興交叉學科，并符合實驗室建設規劃和指南。
(五)實驗室申請立項時，一般應是已良好運行2年以上的行業、地方、校級重點研究機構，具有較完善的管理制度。
第十條 根據教育部發布的實驗室建設指南和要求，符合立項申請基本條件的高等學校按規定格式填寫《教育部重點實驗室建設申請書》。高等學校應確保申請書內容的真實性，并簽署配套經費及條件保障等意見，經主管部門審核后報教育部。
第十一條 教育部組織專家對《教育部重點實驗室建設申請書》進行評審，擇優立項，向高等學校批復立項結果，并抄送其主管部門。
根據立項批復，高等學校組織編制《教育部重點實驗室建設計劃任務書》，并組織專家組對實驗室建設計劃進行可行性論證。論證后的建設計劃任務書和論證報告報主管部門和教育部備案。
第十二條 實驗室建設堅持“邊建設、邊運行”的原則。鼓勵部門、地方、企業參與共建。建設應嚴格按照《教育部重點實驗室建設計劃任務書》的內容實施，建設期一般不超過3年。逾期未通過驗收的實驗室，取消立項建設資格。
第十三條 建設任務完成后，高等學校經自查后向主管部門和教育部報送《教育部重點實驗室建設驗收報告》，并提出驗收計劃安排。
實驗室建設驗收由教育部組織或委托相關部門進行。驗收專家組一般由學術專家和管理專家組成。驗收專家組依據建設計劃任務書及驗收報告，進行綜合評議，形成驗收意見。通過驗收的實驗室，經教育部認定后正式開放運行。
第十四條 地方、行業的重點研究機構建設發展成為開放運行的教育部重點實驗室后，可以同時保留其原有的地方、行業重點研究機構名稱，地方政府和行業部門可繼續按照原有渠道和方式給予支持。
第四章 運行與管理
第十五條 高等學校應當重視實驗室的建設與發展，成立由主要負責人牽頭，科技、人事、學科、財務、資產等部門參加的實驗室建設和運行管理委員會，負責落實條件保障、日常監督管理和年度考核工作，協調解決實驗室發展中的重大問題，并保障實驗室基本運行經費每年不低于100萬元。
第十六條 實驗室實行高等學校領導下的主任負責制。實驗室主任負責實驗室的全面工作，并設立專職副主任和專職秘書。
實驗室主任由高等學校公開招聘和聘任，報主管部門和教育部備案。實驗室主任應是本領域高水平的學術帶頭人，具有較強的組織管理能力，首次聘任時一般不超過55歲。實驗室主任應是高等學校聘任的全職教學科研人員，每屆任期5年，一般連任不超過2屆。
第十七條 學術委員會是實驗室的學術指導機構，職責是審議實驗室的發展目標、研究方向、重大學術活動、年度報告、開放課題。學術委員會會議每年至少召開1次，每次實到人數不少于總人數2/3。
