第三十條 評估機構按照初評打分占60%，現場考察打分占40%的方式，計算出參加現場考察的各實驗室成績并從高到低排序，成績靠前的實驗室評估結果為優秀;成績靠后的實驗室將參加綜合評議，比例不少于參評實驗室總數的20%。參加綜合評議的實驗室名單在教育部科技司網站上發布并提前至少10個工作日通知依托高等學校。
第三十一條 同領域的綜合評議不再按相近學科分組。每個領域由7-11位專家組成綜合評議專家組。
第三十二條 評估機構向綜合評議專家組提供參評實驗室的初評成績、現場考察成績、現場考察意見、評估材料和評估指標體系。
第三十三條 參加綜合評議的實驗室主任到會做工作報告，并對專家提問進行答辯。主要介紹實驗室代表性成果和優勢特色、存在的問題和不足、發展規劃和設想等。報告時間30分鐘，答辯10分鐘。
第三十四條 專家經評議討論，對參加綜合評議的實驗室記名打分和排序，并當場公布排序結果。
第七章 公布結果
第三十五條 綜合評議結束后的15個工作日內，評估機構向教育部提交當年評估工作檔案，包括：各階段專家組人員名單、會議初評專家打分表、初評打分排序統計結果、各實驗室現場考察意見、現場考察打分和排序結果、綜合評議專家打分表及排序結果。
第三十六條 評估機構應在綜合評議結束后的15個工作日內，向教育部提交評估報告，報告應對評估過程中產生的材料進行分析，對評估工作進行系統總結，并提出意見和建議。
第三十七條 教育部根據評估成績和評估報告，確定并發布評估結果及處理意見。評估結果分為優秀、良好、 整改、未通過評估四類。其中評估結果為優秀的實驗室不超過15%，評估結果為整改和未通過評估的實驗室不少于10%，其他實驗室評估結果為良好。
第三十八條 評估結果為整改的實驗室整改期為2年，期滿后由教育部組織專家現場檢查整改結果，檢查通過后評估結果定為良好，檢查未通過的實驗室不再列入教育部重點實驗室序列。
第三十九條 未通過評估的實驗室、不參加評估或中途退出評估的實驗室，不再列入教育部重點實驗室序列，可以再次參加立項申請。
第四十條 評估結果在教育部科技司網站公示一周。公示期內接受實名提出異議。最后以書面形式向參評實驗室和依托高等學校反饋評估結果。
第八章 附 則
第四十一條 實驗室評估費用由教育部承擔。
第四十二條 評估機構、工作人員和評估專家應嚴格遵守國家法律法規和相關保密規定，科學公正、嚴肅認真地履行職責，不得對外發布相關過程信息，不得收取評估對象的評審費用、禮品、禮金。
第四十三條 評估實行回避制度，與實驗室有直接利害關系者，包括實驗室正、副主任、固定人員，學術委員會成員，實驗室主管部門及其他直接相關者不得作為評估專家。實驗室可提出希望回避的專家名單并說明理由，與評估材料一并上報。
