第七條 評估機構應具備組織實施評估工作的條件，能夠按照本規則客觀公正地開展工作，并對評估中的有關過程和情況嚴格保密。評估機構的主要職責是：擬定評估實施方案和經費預算，受理評估申請，組織專家評估，提交評估報告，建立評估工作檔案并按期向教育部移交。
第八條 中央部門、地方政府教育行政部門負責指導和組織本部門實驗室和依托高等學校做好接受評估的準備工作。
第九條 實驗室依托高等學校負責為實驗室評估提供支持和保障;審核評估申請材料的真實性和準確性，并承擔材料失實的連帶責任。
第十條 教育部建立實驗室評估專家庫。評估專家一般由本領域學術水平高、公道正派、熟悉實驗室工作的一線科學家和少數科研管理專家擔任。應用基礎研究比重大的領域應當聘請部分來自產業界的專家。
第二章 評估材料
第十一條 評估材料是實驗室評估的依據，必須反映評估期限內的真實情況，包括實驗室年度考核報告和5年工作總結。評估材料存在弄虛作假情形的實驗室，當年評估結果定為整改。評估材料中屬于國家科學技術涉密范圍的內容應按照《國家科學技術保密規定》執行。
第十二條 實驗室根據評估期內提交的年度報告編寫5年工作總結，并在依托高等學校內進行公示。5年工作總結中列舉的所有成果必須是評估期內獲得，并且各項數據應與年度考核報告的內容相符。
第十三條 評估材料經實驗室依托高等學校和主管部門審核后，按照規定程序和日期提交評估機構。評估機構應組織人員對評估材料進行審核。
第三章 評估程序
第十四條 教育部于每年7月1日前確定委托承擔次年評估工作的評估機構，并下達當年參評的實驗室清單。
第十五條 評估機構制定詳細的評估實施方案和經費預算，報教育部批準。評估實施方案包括實驗室分組、材料提交、評估日程安排等。評估經費預算包括專家評審費、會場租用費、交通費、食宿費等。教育部在收到評估方案后的15個工作日內批復。
第十六條 評估機構發布評估通知，按初評、現場考察和綜合評議三個階段分別組織專家評估，于下半年完成評估工作。
第十七條 參評實驗室的依托高等學校負責審核評估材料并簽署意見，在規定時間期限內，向評估機構正式提交。
第四章 初 評
第十八條 初評采取專家集中開會聽取工作報告的形式對所有參評實驗室進行評議。按照學科領域相近的原則，分組進行。
第十九條 評估機構在會前組織召開初評預備會，向初評專家說明評估規則和指標體系，明確評估任務和要求。
第二十條 各參評實驗室主任到會做工作報告，并對專家提問進行答辯。報告時間30分鐘，答辯10分鐘，其他參評實驗室可以旁聽。
